Die Saaleaue ist am Standort dieser Station über 2,5 km breit. Grund dafür ist die Auslaugung der Zechsteinsalze, die im Untergrund lagern. Durch fließendes Grundwasser wurden die Salze allmählich gelöst und abtransportiert. Dadurch senkte sich das darüberliegende Gestein und es entstand ein sogenanntes Auslaugungstal.

Halle-Neustadt liegt fast zur Hälfte im natürlichen Überflutungsbereich der Saale. Der hohe Grundwasserstand in der Aue erfordert ein dauerhaftes Abpumpen des Grundwassers. Dies bewältigt eine drei Kilometer lange Brunnengalerie an der östlichen und südlichen Peripherie Halle-Neustadts. Die Überflutung des bebauten Bereiches verhindert der in den 1930er Jahren errichtete Gimritzer und Passendorfer Damm.

Dennoch sind weite Bereiche Halle-Neustadts als "überflutungsgefährdet" einzustufen, weil sie bei einem 200jährigen Hochwasser durch Überflutung der Deiche unter Wasser stehen würden.