Dank Abwasserreinigung und Zusammenbruch der Chemieindustrie hat sich die Wassergüte spürbar verbessert. Trotzdem sind viele Fischarten weiterhin selten. Die zahlreichen Wehre verlangsamen das Fließen, so dass der Fluss einem Stillgewässer ähnlicher wird. Derzeit gibt es in der Saale in Halle viel mehr Fische der Stillgewässer als der Fliessgewässer. Darüber hinaus verhindern die Wehre die Wanderung der Fische. Daher ist der Lachs in der Saale ausgestorben.

Barbe und Karpfen sind zwei Fischarten der halleschen Saale. Die Barbe ist ein typischer Flussfisch. Sie lebt in klarem, rasch fließendem und gut belüftetem Wasser und benötigt Geröll und Kies als Laichsubstrat. Dagegen bewohnt der Karpfen stehende oder langsam fließende Bereiche wie hier an der Wilden Saale. Er durchwühlt den schlammigen Untergrund auf der Suche nach Nahrung.